益生菌再迎“噩耗”：LGG无法预防婴儿湿疹和哮喘 | 热心肠日报
今天是第480期日报。
Pediatrics：出生6月内摄入LGG，无法预防婴儿湿疹和哮喘
Pediatrics[IF:5.705]
① 2006-2012年，调研6458名孕妇，3760人拒绝参与，2480人不符合入组条件淘汰，最终纳入203名湿疹和哮喘高危婴儿，184人完成随机对照试验；② 出生起6月内，试验组每天摄入100亿CFU的鼠李糖乳杆菌GG株（LGG）+225mg菊粉，对照组摄入325mg菊粉；③ 平均跟踪4.6年，对照组与试验组到2岁时的湿疹累积发病率为30.9%和28.7%，5岁时哮喘累积发病率为17.4%和9.7%；④ 危害比分别为0.95和0.88，均无统计学意义，数据不支持LGG对湿疹或哮喘的预防作用。
Early Probiotic Supplementation for Eczema and Asthma Prevention: A Randomized Controlled Trial
2017-08-07 DOI: 10.1542/peds.2016-3000
FM：0-3岁儿童之间，肠菌差异大且变化剧烈
Frontiers in Microbiology[IF:4.076]
① 收集19例在同一诊所出生的健康、足月、顺产和母乳喂养婴儿在1和7天、1、3和6月龄、3岁的粪便；② 在第1天，所有婴儿中检测到1种或多种细菌，主要由肠杆菌、脆弱拟杆菌、肠球菌、葡糖球菌和双歧杆菌组成；③ 兼性厌氧菌在前几周占主导地位，随后双歧杆菌、脆弱拟杆菌等专性厌氧菌逐渐占优势；④ 3岁时，肠道菌群几乎全部由专性厌氧菌组成，包括柔嫩梭菌、双歧杆菌等；⑤ 在这些婴儿中，专性/兼性厌氧菌比以及主要细菌门的比例有显著的个体差异。
Ontogenesis of the Gut Microbiota Composition in Healthy, Full-Term, Vaginally Born and Breast-Fed Infants over the First 3 Years of Life: A Quantitative Bird's-Eye View
2017-07-21 DOI: 10.3389/fmicb.2017.01388
科学通报：中国妈妈的初乳和常乳中的菌群
Science Bulletin[IF:4.000]
① 来自广西、江苏、河北、黑龙江的60位健康的孕期未使用抗生素的志愿者提供60份母乳样本；② 初乳/常乳样品中粪便检测到35/33个门（变形菌、厚壁菌、放线菌和拟杆菌门为主）和608/606个属的细菌；③ 基于地理位置和分娩方式，初乳和常乳的菌群结构无显著差异；④ 初乳间分别检测到21和3个属显著差异，常乳间分别有4和6个属显著差异；⑤ 相比常乳，初乳中肠杆菌和双歧杆菌属较少，葡萄球菌属较多，假单胞菌、链球菌和乳酸菌无显著差异。
Assessment of microbial community structure in human colostrum and mature milk based on geographical location and delivery mode
2017-03-31 DOI: 10.1016/j.scib.2017.03.016
FM：研究人体肠道真菌的最优方法
Frontiers in Microbiology[IF:4.076]
① 评价肠道真菌特异性的不同方法，对于分析结果的优劣和适宜性有不同影响；② 基底类型或充气条件对培养依赖性结果无显著影响，冷冻对真菌的生存能力有显著影响；③ DNA提取方法对DNA产量和质量有显著影响，但冷冻和提取方法对α或β多样性均无影响，不同真菌特异性引物的能力有巨大差异；④ 利用同一种引物比较RBBC和BB两种DNA提取方法，发现前者优于后者，并发现念珠菌和酵母菌分别是培养和非培养依赖性方法的最常见真菌。
The fungal frontier: a comparative analysis of methods used in the study of the human gut mycobiome
2017-07-31 DOI: 10.3389/fmicb.2017.01432
FM：世界发酵食品和酒精饮料的微生物之旅
Frontiers in Microbiology[IF:4.076]
① 全世界有5000多种发酵食品和酒精饮料，它们在原/二次发酵过程中改变了植物/动物源的化学成分，从而提高了对生物活性物质的营养价值；② 它们可分为9大组，包括：发酵的谷物、蔬菜、竹笋、豆类、根块茎，乳制品、发酵和腌制的肉制品、烟熏鱼制品、酒精饮料和其他发酵产品；③ Frontiers in Microbiology杂志特别编发由94位作者撰写的15篇原创论文和评论论文，试图列举代表亚洲、非洲、欧洲和美国的主要发酵食品和含酒精饮料的相关知识。
Microbiology of Ethnic Fermented Foods and Alcoholic Beverages of the World
2017-07-20 DOI: 10.3389/fmicb.2017.01377
研究大热点：二甲双胍如何影响肠道菌群和免疫系统（综述）
Diabetologia[IF:6.080]
① 二甲双胍是临床上治疗2型糖尿病的一种药物，因其安全，有效和廉价等特点而得到广泛应用，但其具体的作用机制及对机体的影响还存在争议；② 之前认为二甲双胍可以作用于呼吸电子传递链或AMPK，mTOR等通路，通过影响能量代谢来降低血糖水平，现在开始关注其与肠道微生物及免疫系统的关系；③ 研究表明二甲双胍可以改变人肠道菌群组成，并影响菌群代谢产物及胆酸，肠激素的产生；④ 二甲双胍可通过影响AMPK等代谢通路影响免疫细胞的功能。
The effects of metformin on gut microbiota and the immune system as research frontiers
2017-08-02 DOI: 10.1007/s00125-017-4352-x
ISME：大幅度提高基因组复原效率的新方法
The ISME Journal[IF:9.664]
① 开发dRep，在双相方法中采用gANI 和Mash，以大幅减少基因组去重复所需的计算时间，同时确保高度准确；② 基因组集先用Mash分为主群，每一个主群再用gANI方法以配对的形式进行比较，形成可被去重复的几乎相同的基因组的次群；③ 与原始gANI方法相比，dRep法的计算效率高几个数量级，使用既往开发的算法进行校准，dRep速度提高28倍，且召回精准、精确；④ 与共组装方法复原的基因组集相比，dRep法复原的基因组更多且质量更高。
dRep: a tool for fast and accurate genomic comparisons that enables improved genome recovery from metagenomes through de-replication
2017-07-25 DOI: 10.1038/ismej.2017.126
EM：能抑制病原体的两栖动物皮肤菌群
Environmental Microbiology[IF:5.395]
① 一些两栖动物皮肤细菌能抑制两栖动物病原体Bd的生长；② 分析从四种两栖动物（牛蛙、东方蝾螈、春雨蛙和美国蟾蜍）的皮肤中收集的细菌分离物对Bd的抑制；③ 在Bd流行地区的牛蛙和蝾螈中，相比稀有菌，优势菌有较高的Bd抑制能力；④ 而在Bd不存在或者发生率低的春雨蛙和蟾蜍中，稀有菌和优势菌对Bd的抑制能力无显著差异；⑤ 牛蛙和蝾螈培养细菌的相对丰度的一半以上是由抑制性细菌组成的，在春雨蛙和蟾蜍中分别为25%和37%。
Dominance-function relationships in the amphibian skin microbiome
2017-07-05 DOI: 10.1111/1462-2920.13850
感谢本期日报的创作者：热心肠先生，女巫，this little piggy，Archie，鑫鑫鑫女开～，小胖子，花开
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