小心，医学人工智能有四个坑~ | 热心肠日报
今天是第478期日报。
JAMA：小心医学人工智能的弊端！
JAMA[IF:44.405]
① 机器学习在医学领域的应用飞速发展，深度学习算法已可高准确率地检测糖尿病视网膜病变；② 然而，基于机器学习的决策支持系统（ML-DSS）在医疗领域中的有效性缺乏研究，可能导致潜在的意想不到的结果；③ 首先，ML-DSS可能降低医生的技能；④ 其次，机器学习技术过多地关注数据，而忽视了数据无法显示的临床要素；⑤ 另外，医学领域本身存在着基本不确定度，可能影响ML-DSS的准确性；⑥ 最后，现行的算法（如人工神经网络）对于医生来说难以理解。
Unintended Consequences of Machine Learning in Medicine
2017-08-08 DOI: 10.1001/jama.2017.7797
Gut：小鼠自身的Card9基因，在肠道调菌群抑病菌！
Gut[IF:16.658]
① 半胱天冬酶招募域9（CARD9）是一个关键的先天免疫基因，对于塑造正常肠道菌群是必需的，Card9–/-小鼠对肠道致病菌——鼠柠檬酸杆菌的易感性更高；② 在无菌小鼠、野生型小鼠、Card9–/-小鼠、Card9–/-无菌小鼠中分析鼠柠檬酸杆菌感染；③ CARD9通过支持特异性体液免疫反应以调节菌群，从而控制致病菌的毒性；④ Card9–/-无菌小鼠的鼠柠檬酸杆菌易感性更高；⑤ 多糖富集的饮食可抵消Card9–/-小鼠中鼠柠檬酸杆菌（主要消耗单糖）的生态优势。
Card9 mediates susceptibility to intestinal pathogens through microbiota modulation and control of bacterial virulence
2017-08-08 DOI: 10.1136/gutjnl-2017-314195
Immunity：研究宿主基因对菌群影响，请用同窝对照！
Immunity[IF:22.845]
① 相比非同窝对照的野生型小鼠，Nlrp6和ASC炎性小体缺陷型小鼠的肠道菌群失调，因此被广泛地认为可塑造肠道菌群的组成；② 分别对Nlrp6缺陷型小鼠、ASC缺陷型小鼠及相应的同窝对照野生型小鼠的菌群进行系统发育分析，并未发现Nlrp6及ASC依赖性炎性小体对肠道菌群的调节作用，以最小化非遗传性干扰因素的影响；③ 分笼饲养并未发现Nlrp6对DSS诱导的结肠炎的影响；④ 结果提示，在研究宿主免疫对肠道菌群的影响时，同窝对照实验设计是必需的。
Nlrp6- and ASC-Dependent Inflammasomes Do Not Shape the Commensal Gut Microbiota Composition
2017-07-18 DOI: 10.1016/j.immuni.2017.07.011
Gastroenterology：IBD患者中，保护性T细胞减少且功能改变
Gastroenterology[IF:18.392]
① 从健康人及IBD患者中收集肠道及PBMC样本；② 健康人体内可应答肠道菌群中不同细菌种类的循环及组织CD4+ T细胞的水平在40-4000个/百万个；③ 菌群反应性CD4+ T细胞是一个记忆性表型，在PBMC及肠道中均存在，并有着多样性的TCR β链可变区；④ 这些CD4+ T细胞的功能各异，可产生肠道屏障保护性细胞因子，并通过IL-17A、IFN-γ、TNF刺激肠道基质及上皮细胞；⑤ 在IBD患者中，血液及肠道中的菌群反应性CD4+ T细胞均减少，且产生IL-17A的频率增加。
Circulating and Tissue-resident CD4+ T Cells With Reactivity to Intestinal Microbiota Are Abundant in Healthy Individuals and Function is Altered During Inflammation
2017-08-03 DOI: 10.1053/j.gastro.2017.07.047
Microbiome：优化临床制备病毒宏基因组测序样本的方法
Microbiome[IF:8.496]
① 介绍高通量病毒宏基因组测序的样本制备步骤，对临床样本的总核酸进行随机扩增；② 检测了从血浆样本中富集/扩增DNA及RNA病毒的不同方法，一种包括过滤、核酸酶消化、在不同反应中随机扩增DNA及RNA的步骤是最佳的；③ 随后在包含了不同病毒科的样本中验证此方法，可高读数地检测到大多数病毒序列，且优于现行的其它样本制备方法；④ 该方法不仅适用于血浆样本，还可用于尿液、咽喉拭子等临床样本。
Optimization and validation of sample preparation for metagenomic sequencing of viruses in clinical samples
2017-08-08 DOI: 10.1186/s40168-017-0317-z
Microbiome：移植人的菌群，小鼠更易被感染且相关抗体增加
Microbiome[IF:8.496]
① 空肠弯曲杆菌是自身免疫性格林-巴利综合征（GBS）的主要前期感染源，通常伴随可攻击外周神经的抗神经节苷脂自身抗体的产生；② 对无菌小鼠移植人粪便菌群后，之后感染空肠弯曲杆菌；③ 与对照组相比，移植了人粪便菌群的小鼠的空肠弯曲杆菌定殖增加10-100倍，引流淋巴结的病理改变，Th1/Th17依赖性抗空肠弯曲杆菌抗体显著降低；④ 感染5周后（而非7周后）的IL-4应答增加，Th2型抗空肠弯曲杆菌应答显著升高，抗神经节苷脂自身抗体显著升高。
Transplanted human fecal microbiota enhanced Guillain Barré syndrome autoantibody responses after Campylobacter jejuni infection in C57BL/6 mice
2017-08-08 DOI: 10.1186/s40168-017-0284-4
Diabetologia：二甲双胍的作用机制（综述）
Diabetologia[IF:6.080]
① 二甲双胍被广泛应用于糖尿病及相关疾病的治疗中，其在分子水平的作用机制，受到用药剂量、治疗时长、急性/慢性用药的影响；② 在分子水平，二甲双胍可能通过AMPK依赖性及AMPK非依赖性机制发挥作用，也可能通过抑制线粒体呼吸、抑制线粒体甘油磷酸盐脱氢酶及一种涉及溶酶体的机制发挥作用；③ 在生理水平，二甲双胍可直接或间接地作用于肝脏，降低葡萄糖的产生，也可作用与肠道，增加葡萄糖利用率及GLP-1并改变肠道菌群。
The mechanisms of action of metformin
2017-08-03 DOI: 10.1007/s00125-017-4342-z
MI：一文读懂调节型T细胞与肠道菌群的互作（综述）
Mucosal Immunology[IF:7.478]
① 梭菌属通过诱导肠道上皮细胞（IEC）产生TGF-β等方式建立适合调节性T细胞（Treg）产生的环境，短链脂肪酸、维生素A等饮食组分促进Treg产生；② 细菌抗原通过杯状细胞、IEC、抗原呈递细胞（APC）、完整入侵等途径接触免疫细胞，促进抗原特异性Treg在派尔氏结及淋巴滤泡中产生；③ 结肠Treg通过CTLA-4结合APC表面的CD80/86，抑制效应T细胞的CD28共刺激信号，或分泌TGF-β及IL-10促进免疫耐受；④ Treg在调节T细胞依赖性IgA中的作用尚未明确。
Antigen-specific regulatory T-cell responses to intestinal microbiota
2017-08-02 DOI: 10.1038/mi.2017.65
感谢本期日报的创作者：沈志勋
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