菌群的两性差异，或许比想象的更复杂 | 热心肠日报
今天是第1277期日报。
昆明动物所：深挖人体菌群的男女性别差异
Advanced Science[IF:15.804]
① 纳入HMP数据集中242名健康成人（129男113女）的数据，分析15个身体位点的菌群的性别差异；② 不同部位的菌群多样性存在性别差异，菌群整体多样性的性别差异在皮肤菌群（而非肠道菌群）中较普遍；③ 性别之间存在共享和特异性的菌群组成，但个体间菌群异质性以及人群中的菌群多样性，无性别特异性；④ 网络分析发现菌群互作、共现关系、核心菌群等存在性别特异性，性别对微生物适应性有很强的选择效应。
How and Why Men and Women Differ in Their Microbiomes: Medical Ecology and Network Analyses of the Microgenderome
10-23, doi: 10.1002/advs.201902054
【主编评语】男女在很多生理层面都有明显差异，Advanced Science近期发表了来自昆明动物所马占山团队的研究，则揭示了人体菌群的性别差异。该研究从7个方面对人类微生物组计划的数据进行了重新分析，剖析了肠道、呼吸道、口腔和皮肤的15个人体位点的菌群，在多样性、物种组成、互作等方面的两性差异/相似性，为进一步开展两性菌群差异对健康和疾病的影响提供了重要的参考。（@mildbreeze）
Nature子刊：肠道病毒或引起急性无力脊髓炎
Nature Medicine[IF:30.641]
① 流行病学证据显示，非脊髓灰质炎肠道病毒（EV）可能与急性无力脊髓炎（AFM）的爆发相关，但很难在脑脊液中检测到EV RNA；② 纳入42名AFM患儿及58名对照（患有其它小儿神经系统疾病），利用表达了481996种病毒多肽的噬菌体展示文库检测脑脊液中的抗病毒抗体；③ 相比于对照组，AFM患儿的脑脊液中检测到的EV多肽抗体显著富集（29/42 vs. 4/58），并通过ELISA验证；④ 对AFM患儿脑脊液RNA的二代测序仅能检测到极少的EV RNA。
Pan-viral serology implicates enteroviruses in acute flaccid myelitis
10-21, doi: 10.1038/s41591-019-0613-1
【主编评语】自2012年起，美国每两年经历一次急性无力脊髓炎（AFM）的爆发。有研究认为肠道病毒可能是引起AFM的原因，但尚无明确证据。Nature Medicine上发表的一项最新研究，通过检测脑脊液中的抗病毒抗体，发现相比于其它神经系统疾病的患儿，AFM患儿脑脊液中的抗肠道病毒多肽抗体显著富集，提示肠道病毒或是AFM的罪魁祸首。（@沈志勋）
原发性硬化性胆管炎患者的肠道真菌变化
Gut[IF:17.943]
① 纳入65名原发性硬化性胆管炎（PSC）患者（其中32名并发IBD）、38名溃疡性结肠炎（UC）患者及66名健康人；② 与法国的一项队列研究不同，德国PSC患者的肠道真菌α多样性与UC患者及健康人无显著差异；③ 不同类型疾病的患者的肠道真菌组成均与健康人无显著差异；④ 相比于健康人及UC患者，PSC患者（无论是否并发IBD）的肠道真菌中Trichocladium griseum及念珠菌属显著增加；
Gut mycobiome of primary sclerosing cholangitis patients is characterised by an increase of Trichocladium griseum and Candida species
10-25, doi: 10.1136/gutjnl-2019-320008
【主编评语】来自Gut上发表的一项最新研究，对比鉴定了在德国人群中，相对于IBD患者及健康人，原发性硬化性胆管炎患者的肠道真菌差异。并发现德国人群中，患者的肠道真菌变化与法国人群并不一致。（@沈志勋）
人类微生物组与疾病关联知识库构建的挑战（综述）
Microbiome[IF:10.465]
① 当前仅有Disbiome和VMH等4个知识库，可供提升的空间很大，特别是自动化采集和更新的需求十分迫切；② 对于微生物、疾病及二者关系信息的提取和标准化而言，均面临着工具短缺，名称和分类体系的不完善、不规范的挑战；③ 知识库还需整合实验数据，这样才能确保数据真实可验证，经得起推敲；④ 未来首先需要优先关注人类微生物组研究中的全领域词汇的标准化，共享人工注释的资料库，为自然语言处理、文本挖掘等方法的实现打下基础。
Challenges in the construction of knowledge bases for human microbiome-disease associations
09-05, doi: 10.1186/s40168-019-0742-2
【主编评语】随着人类逐步揭示微生物组与健康、疾病之间的内在联系，相关的知识碎片越来越多。为了整合、固化这些成果，迫切需要构建一个微生物组-疾病的关联知识库。Microbiome上发表的这篇综述，介绍了知识库的结构、构建方法，认为现有的知识库和开发工具仍有很大改进空间。提出用计算机算法自动化从海量文献中提取信息是知识库构建的必然选项，其关键在于准确的识别已发表文献中微生物、疾病和确定二者之间的关系。（@gaoch）
微型猪肠道菌群的衰老相关变化
GEROSCIENCE[IF:6.444]
① 选取126只不同年龄阶段（新生到10岁）的微型猪，分析对比肠道菌群的组成与功能，所有的微型猪在相同的环境下饲养；② 在出生后的前20周内，微型猪肠道菌群的多样性随年龄增长而不断增加，随后呈波动趋势；③ 在衰老微型猪的肠道菌群中，益生细菌及短链脂肪酸产生菌减少，而拟杆菌属随年龄增长而增加，这与在人类中的发现一致；④ 代谢相关通路随年龄增长而富集，遗传及环境信息处理相关通路（复制、转录、修复、膜转运等）与年龄负相关。
Age-related compositional and functional changes in micro-pig gut microbiome
10-28, doi: 10.1007/s11357-019-00121-y
【主编评语】GeroScience上发表的一项最新研究，对100多只不同年龄阶段的微型猪的肠道菌群进行了对比分析，鉴定出了衰老相关的菌群多样性、组成及功能的变化，并发现一些特定变化与人类衰老过程一致，提示微型猪可作为衰老研究的模式动物。（@沈志勋）
Nature子刊：世界范围内土壤真菌群落中以子囊菌为优势型
Nature Communications[IF:11.878]
① 采集18个国家不同生境235份土样，鉴定到24,137个真菌进化型；② 其中83个优势型累计占总量的18%，多为风媒传播的子囊菌，最多见的是盘菌亚门的粪壳菌纲、锤舌菌纲、散囊菌纲和座囊菌纲；③ 其次为担子菌（~15%）和未分类真菌（~20%）；④ 83个优势型在不同取样地点丰度相近，主要受湿地、森林和旱地环境的影响（70%的真菌进化型可归为此类生境）；⑤ 优势子囊菌中营养摄取和抗胁迫相关基因的丰度较非优势菌要高。
A few Ascomycota taxa dominate soil fungal communities worldwide
05-30, doi: 10.1038/s41467-019-10373-z
【主编评语】真菌是土壤微生物群落的重要组成，是分解者中的先锋物种。Nature Communication中发表的这一篇论文从六大洲采集了235份土壤样本，利用ITS序列测序和宏基因组测序的方法，系统地鉴定了土壤中真菌群落的组成。发现子囊菌是全球土壤中中占主要的物种，其次是担子菌和未分类真菌。（@gaoch）
Nature：喝酒通过调控表观遗传影响学习及记忆
Nature[IF:43.07]
① 神经元的组蛋白乙酰化依赖于ACSS2（一种乙酰辅酶A合成酶）将乙酸盐代谢为乙酰辅酶A，而酒精是体内乙酸盐的主要来源；② 利用稳定同位素在小鼠体内进行标记，发现酒精代谢促进脑内组蛋白的快速乙酰化，部分通过ACSS2将酒精中的乙酰基转移至组蛋白；③ 孕鼠酒精暴露可导致酒精中的乙酰基进入胎儿脑内；④ 在原代海马神经元中，胞外的乙酸盐可诱导学习及记忆相关转录组的变化，该变化依赖于ACSS2的催化活性；⑤ 小鼠的酒精相关联想学习需要ACSS2。
Alcohol metabolism contributes to brain histone acetylation
10-23, doi: 10.1038/s41586-019-1700-7
【主编评语】许多研究表明代谢状态可影响表观遗传调控。来自Nature上发表的一项最新研究，发现ACSS2可将酒精中的乙酰基转移至组蛋白中，促进脑内组蛋白的快速乙酰化，从而影响包括酒精上瘾在内的学习及记忆相关基因的表达，提示酒精暴露可通过表观遗传调控以影响学习及记忆。另外，孕鼠的酒精暴露可促进胎儿脑内的组蛋白乙酰化，可能是引起胎儿酒精谱系障碍的机制。（@沈志勋）
Nature：合成新型抗生素对抗耐药菌
Nature[IF:43.07]
① 通过改造天然产物合成一类新型抗生素——包含多粘菌素及粘菌素家族中的大环，以及与之相连的murepavadin（来自假单胞菌属）中的β-发夹肽大环；② 新型抗生素可结合革兰氏阴性菌的脂多糖及BamA（β桶形结构折叠复合物中的主要组分）；③ 在体外，新型抗生素对多种多重耐药致病菌（包括革兰氏阴性菌中的ESKAPE致病菌）具有杀菌活性；④ 在小鼠体内，新型抗生素对多种粘菌素耐药菌有抑制作用，并表现出较好的成药性。
Chimeric peptidomimetic antibiotics against Gram-negative bacteria
10-23, doi: 10.1038/s41586-019-1665-6
【主编评语】目前对新型抗生素的需求十分迫切，尤其是对碳青霉烯类及三代头孢菌素具有耐药性的革兰氏阴性菌。来自Nature上发表的一篇最新研究，合成了一类改造自天然产物的新型抗生素，在体内及体外均对多重耐药性革兰氏阴性菌（尤其是ESKAPE致病菌）有很好的杀伤作用，并有着较好的成药性，目前正处于临床前研究中，有机会在将来进入临床试验，并成为对抗革兰氏阴性菌感染的药物。（@沈志勋）
感谢本期日报的创作者：大月半，沈志勋，段段，EADGBE
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