为啥有些食物让人管不住嘴？| 热心肠日报
今天是第975期日报。
Nature子刊：吃东西上瘾背后的饮食与神经问题（评论）
Nature Neuroscience[IF:19.912]
① 对大鼠进行高脂饲养并延长进食时间，会引起肥胖、纹状体多巴胺受体D2R表达减少，诱发进食成瘾行为，人类中也有类似现象；② 过多摄入饱和脂肪会消耗肠道脂质信使，降低肠道对脂肪摄取的敏感性，钝化迷走神经传入信号，使多巴胺系统发生适应性改变，导致大脑奖励功能障碍，该过程可独立于肥胖的发生；③ 现代社会的高脂饮食可能引发进食成瘾行为，需引起足够重视；④ 研究饮食和肥胖影响多巴胺回路的机制，有助于找到成瘾性疾病的治疗靶点。
Dopamine and diet-induced obesity
12-17, doi: 10.1038/s41593-018-0304-0
【主编评语】进食成瘾行为是现代肥胖流行的潜在原因，不少研究显示，这种成瘾行为背后，高脂高糖饮食对神经系统的影响有重要作用。Nature Neuroscience近期发表的观点评论短文汇总了该领域的几项关键研究，重点讨论了高脂饮食的相关发现，有兴趣的读者不妨一读。（@mildbreeze）
Nature子刊：人类幼年的肠道菌群基因组和功能具有高度多样性
Nature Microbiology[IF:14.174]
① 来自芬兰、爱沙尼亚和俄罗斯的数据显示，儿童肠道菌群的多样性与居住地位置、成长环境有关；② 儿童肠道中，广泛存在的噬菌体促进了拟杆菌属的基因组多样性，反映出肠道菌群泛基因组巨大且多变的特点；③ 肠道中双歧杆菌丰度的多样性，反映出哺乳方式和地理位置的差异；④ 俄罗斯儿童中广泛存在同一株两歧双歧杆菌，反映了益生菌产品中的益生菌可稳定定殖；⑤ 在出生后的最初两年，菌群结构的多样性导致了菌群代谢功能的多样性和特异性。
Genomic variation and strain-specific functional adaptation in the human gut microbiome during early life
12-17, doi: 10.1038/s41564-018-0321-5
【主编评语】肠道菌群的早期建立对研究菌群结构和功能具有重要意义。本研究利用DIABIMMUNE研究中从芬兰、爱沙尼亚和俄罗斯收集到的儿童菌群数据数据，研究了微生物基因组多样性对肠道微生物组发育的影响，重点阐释了拟杆菌属、双歧杆菌属的多样性和差异性，在菌株水平拓展了对菌群早起建立的认识，值得参考。（@小肠君）
Nature 子刊：肠道病毒的开放阅读框不止一个
Nature Microbiology[IF:14.174]
① 在肠道病毒中发现了一个新的蛋白编码框——上游开放阅读框（uORF），其编码的上游蛋白有助于肠道病毒在肠道表皮细胞中繁殖；② uORF存在于许多肠道病毒中，但是具有很强的负选择倾向；③ 在被埃可病毒7和脊髓灰质炎病毒1感染的细胞中，可检出uORF编码的蛋白；④ 3株肠道病毒代表株中，检测到uORF蛋白的表达；⑤ uORF蛋白与细胞膜结合，有助于病毒释放进行感染；⑥ 在不同的人类肠道类器官中，敲除uORF后埃可病毒的毒性降低。
An upstream protein-coding region in enteroviruses modulates virus infection in gut epithelial cells
11-26, doi: 10.1038/s41564-018-0297-1
【主编评语】肠道病毒的蛋白一直被认为来自于多聚蛋白的水解产物，该多聚蛋白由单独的开放阅读框编码。该研究首次发现了另一个上游开放阅读框，编码的蛋白有助于肠道病毒感染上皮细胞。该发现颠覆了对肠道病毒蛋白表达的认知，对深入研究病毒致病机制具有参考价值。（@小肠君）
菌群的性别差异与多囊卵巢综合征（综述）
Trends in Endocrinology and Metabolism[IF:10.769]
① 性别影响人类和啮齿动物肠道细菌组成；② 肠道菌群在青春期后会依性别而变得不同，性腺切除术会导致肠道菌群发生改变，这些研究说明性类固醇激素水平可能驱动了肠道菌群的性别差异；③ 在患有多囊卵巢综合征（PCOS）的女性和该疾病的鼠类动物模型中，肠道菌群的变化与雄激素过量相关；④ PCOS与菌群α多样性降低和特定细菌相对丰度的变化相关，这些细菌来自与代谢失调相关的拟杆菌科、梭菌科、Erysipelotrichidae、毛螺菌科等。
Sex, Microbes, and Polycystic Ovary Syndrome
11-29, doi: 10.1016/j.tem.2018.11.001
【主编评语】肠道菌群存在性别差异，Trends in Endocrinology and Metabolism近期发表综述，探讨了性激素对肠道菌群的影响，以及这种影响在多囊卵巢综合征中的潜在作用。（@mildbreeze）
可研究宿主-菌群互作的小肠体外模型
FASEB Journal[IF:5.595]
① 共培养肠上皮细胞（Caco-2）、杯状细胞（HT29-MTX）和免疫样细胞（THP-1），构建小肠体外模型，以8种共生菌株构成的合成菌群模拟小肠菌群；② 在LPS和合成菌群的共刺激作用下，肠上皮屏障功能明显受损，肠细胞分泌IL-8、IL-6、TNF-α、CXCL16增多，且巨噬细胞样细胞分化和粘附增加，双氧化酶2和TLR-2/4的mRNA表达明显增加；③ 小肠宿主-菌群模型可模拟菌群作用下的小肠炎症、免疫调节和细菌粘附状况，有助于开展体外研究。
Development of a host-microbiome model of the small intestine
12-06, doi: 10.1096/fj.201801414R
【主编评语】FASEB Journal近期发表研究，通过共培养肠上皮细胞、杯状细胞、免疫样细胞和合成菌群，构建小肠的体外模拟模型，可用于研究小肠的宿主-菌群互作。（@mildbreeze）
华中科大：能区分亚种的菌群分析工具
Bioinformatics[IF:5.481]
① Strain-GeMS 主要依据 SNP 差异及其聚类的结果来构建统计模型，进而鉴定和区分亚种；② 在模拟数据集的测试中，该工具较既有的 ConStrains、Sigma 等软件均有较大改进，体现在分类结果更准确、速度更快和假阳性率更低等方面；③ 应用该工具分析人肠道菌群的季节性变化，发现具有季节性变化的菌株有多个亚种组成，而亚种之间的丰度会存在一些差异；④ 将其应用于一项粪菌移植研究数据中，得到了与文中相符的结论；⑤ 该工具使用 Python 编写。
Strain-GeMS: Optimized subspecies identification from microbiome data based on accurate variant modeling
10-05, doi: 10.1093/bioinformatics/bty844
【主编评语】华中科技大学宁康课题组在 Bioinformatics 杂志上发表论文，介绍了一种能够区分亚种的生物信息学工具。（@gaoch）
使用目标序列捕获技术和宏基因组测序检测临床样本中的病毒
Journal of Clinical Microbiology[IF:4.054]
① 使用之前开发的 ViroCap 方法(基于保守序列捕获)，对26个临床样本进行了富集和宏基因组测序；② 富集后测序的结果鉴定得到了所有预期的病毒和30种其它病毒，其中有13种仅在富集后才能通过测序得出；③ 所有病毒的丰度在富集后有明显增加，病毒基因组的测序深度、覆盖率等指标有所改善；④ 与常规临床检测方法相比，(仅)测序有助于病毒的分型，还能发现病毒基因组中与药物抗性相关的DNA突变；⑤ 在此基础上，先富集后测序则有进一步的提高。
Detection of Viruses in Clinical Samples Using Metagenomic Sequencing and Targeted Sequence Capture
09-19, doi: 10.1128/JCM.01123-18
【主编评语】宏基因组测序虽然可以获得样本中所有的序列信息，但是直接测序对于低丰度DNA可能并不经济和准确。因此，本文通过先富集后测序的方法，提高了宏基因组测序数据利用率和检测病毒的准确性。（@gaoch）
张发明+季国忠：粪菌移植治疗克罗恩病的长期评价
Advances in Therapy[IF:3.085]
① 分析粪菌移植（FMT）治疗克罗恩病（CD）的数据，纳入随访1-5年的患者139例，共行184次FMT；② 总不良事件（AE）发生率为13.6%，包括大便频次增加、发热、腹痛、胀气、便血、干呕、饱胀、带状疱疹，未发生严重AE；③ 手工制备和自动化粪菌制备系统制备粪菌方法均不影响FMT疗效，但手工制备组的AE发生率高于自动化组；④ 这是FMT治疗CD的最大样本量长期随访研究，AE均出现在FMT术后1月内，可将FMT后1个月作为划分短期和长期不良事件的分界点。
The Safety of Fecal Microbiota Transplantation for Crohn’s Disease: Findings from A Long-Term Study
10-16, doi: 10.1007/s12325-018-0800-3
【主编评语】Advances in Therapy近期发表了南京医科大学第二附属医院张发明和季国忠团队的临床研究，其数据来自中国菌群移植平台，基于FMT治疗克罗恩病的最大样本量较长时间的安全性评价，发现用自动化系统制备粪菌的方法可降低FMT不良事件风险，而不影响疗效。同时作者还提出，可将FMT治疗后1个月作为短期和长期不良事件的时间分界点。（@mildbreeze）
感谢本期日报的创作者：梦垚，祁玉丽，小肠君，女巫，fang fang，gaoch
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