预防感染，菌群保护伞默默做了哪些事？| 热心肠日报
今天是第966期日报。
一图读懂：菌群如何影响感染性疾病（综述）
Nature Microbiology[IF:14.174]
① 微生物组与人体健康，尤其是感染性疾病的发生息息相关；② 高纤维饮食通过菌群促进SCFA、抗菌肽和黏蛋白的生成，形成定植抗性，阻止肠道感染的发生；③ 易感性也与菌群组成有关：以乳杆菌属为主的阴道菌群可减少感染并增强对HIV的抗性，维持呼吸道菌群的平衡和低度多样性或有助于防止感染；④ 单独或联合使用益生元/益生菌、粪菌移植可用于治疗感染性疾病；⑤ 感染性疾病发生的菌群内在机制及功能的改变、不同菌群间的互作等仍需更多研究。
The role of the microbiota in infectious diseases
12-13, doi: 10.1038/s41564-018-0278-4
【主编评语】菌群可对外来病原体产生定殖抵抗，帮宿主预防感染性疾病。来自Nature Microbiology的长综述对菌群在感染性疾病中的作用，特别是其定殖抵抗的机制，进行了详细介绍和讨论，值得专业人士好好看看。（@mildbreeze）
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全球范围内超重/肥胖对癌症的影响
CA - A Cancer Journal for Clinicians[IF:244.585]
① 过去四十年，全球超重（BMI≥25kg/m）和肥胖（BMI≥30kg/m）人群比例成倍增加，主要原因被认为是高能量低营养的饮食习惯及锻炼的减少；② 超重与多种癌症风险之间存在一定的量效关系，与癌症部位、性别和地区等因素有关；③ 在高收入国家中超重促成的癌症病例的比例更高，超重促成的女性癌症病例也显著高于男性；④ 多种男性（肝癌、结直肠癌、肾癌等）及女性癌症（乳腺癌、子宫癌、结直肠癌等）的风险与BMI的增长显著相关。
Global patterns in excess body weight and the associated cancer burden
12-12, doi: 10.3322/caac.21499
【主编评语】影响因子达244.585分的神刊CA - A Cancer Journal for Clinicians上发表的一项最新研究，在全球范围内分析了超重/肥胖对癌症的影响，发现超重/肥胖造成了一定比例的癌症比例，而体重对癌症的影响程度与性别、地理区域、收入水平等因素相关。（@沈志勋）
第二军医大学：抗癌新手段？将肝癌细胞逆转为正常肝细胞
Cell Research[IF:15.393]
① 肝细胞核因子1A（HNF1A）、HNF4A及叉头框蛋白A3（FOXA3）的组合可将肝细胞癌（HCC）细胞重编程为肝细胞样细胞（rHeps）；② rHeps失去了癌细胞的恶性表型，并重新拥有了肝细胞的特征，包括肝细胞形态、基因表达模式及特异性肝细胞生物标志物；③ 功能方面，rHeps与正常肝细胞一样可分泌白蛋白、合成糖原、吸收低密度脂蛋白、产生尿素、感应细胞色素P450酶及代谢药物；④ 瘤内注射三种因子的组合，可在PDX模型体内缩小肿瘤并重编程HCC细胞。
Conversion of hepatoma cells to hepatocyte-like cells by defined hepatocyte nuclear factors
12-18, doi: 10.1038/s41422-018-0111-x
【主编评语】正常细胞在发生恶性转化后可变成癌细胞，但癌细胞是否可逆转变为正常细胞尚未明确。来自第二军医大学的王红阳及丁劲团队在Cell Research上发表的一项最新研究，利用三种因子的组合，可将肝细胞癌细胞重编程为拥有正常功能的肝细胞，后者不再拥有癌细胞的恶性表型。在PDX模型的瘤内注射三种因子，可在体内缩小肿瘤并重编程肝细胞癌细胞。（@沈志勋）
Gut：IBD患者结肠镜检漏诊的风险可能上升
Gut[IF:17.016]
① 收集2001-2010年瑞典27万人近35万次结肠镜检结果，进行队列研究；② IBD组的结肠镜检后结直肠癌发生率（PCCRC）明显高于非IBD组，其中克罗恩病组（CD）的PCCRC为28.3%，溃疡性结肠炎组（UC）为41.0%，而非IBD组仅为6.3%；③ 与非IBD相比，CD组中PCCRC的相对危险度为3.82，UC组为5.89，差异显著；④ UC组中年龄较小是PCCRC主要危险因素，CD组的直肠病变显著增加PCCRC风险；⑤ 结肠镜检存在漏诊结直肠癌的可能，需调整或寻找更好的监测策略。
Rates and characteristics of postcolonoscopy colorectal cancer in the Swedish IBD population: what are the differences from a non-IBD population?
12-15, doi: 10.1136/gutjnl-2018-316651
【主编评语】结肠镜检后结直肠癌（PCCRC）是，是指结肠镜检阴性结果后6-36个月诊断出结直肠癌的情况，漏诊是一个主要原因。Gut近期发表了瑞典的一项队列研究，分析了27万人近35万次结肠镜检的数据，发现炎症性肠病（IBD）患者的PCCRC风险显著上升，且不同亚型的风险因素也有差异。这些结果说明，对于IBD患者的结直肠癌变，或需调整监测策略。（@mildbreeze）
Science子刊：IBD及IBS患者的肠道菌群组成及功能变化
Science Translational Medicine[IF:16.71]
① 对1792名受试者（355名IBD患者、412名IBS患者、1025名健康人）的粪便样本进行宏基因组测序；② IBD及IBDS患者的肠道菌群有大量相似之处，在物种和菌株水平上，两者也存在显著差异；③ 与健康人相比，IBD及IBS患者的某些肠道细菌生长速率发生变化；④ IBD及IBS患者的肠道菌群中，氨基酸、神经递质、维生素的生物合成及复杂碳水化合物的降解等相关通路发生改变，且毒力因子的丰度增加；⑤ 患者肠道菌群组成的变化影响了抗生素耐药基因的携带。
Gut microbiota composition and functional changes in inflammatory bowel disease and irritable bowel syndrome
12-19, doi: 10.1126/scitranslmed.aap8914
【主编评语】Science Translational Medicine上发表的一项最新研究，对近2000名受试者（包括355名IBD患者、412名IBS患者）的肠道菌群进行了宏基因组测序，对菌群组成及功能的异同进行了全面的剖析对比。（@沈志勋）
Nature子刊：抗菌肽耐药性在肠道菌群中不易传播
Nature Microbiology[IF:14.174]
① 在基因横向转移模式以及对新宿主的功能适应性上，抗菌肽与抗生素耐药基因具有差异；② 抗菌肽耐药基因广泛分布于肠道菌群，但基因横向转移率比抗生素耐药基因低；③ 大肠杆菌易于通过基因横向转移获得耐药性，但来自系统发育距离较远细菌的抗菌肽耐药基因，很难赋予大肠杆菌相应的抗菌肽耐药性；④ 抗菌肽耐药基因的功能具有宿主特异性，限制了该类基因大规模横向转移；⑤ 抗菌肽可引发特定模式的肠道菌群变化，与特定疾病有关联。
Phylogenetic barriers to horizontal transfer of antimicrobial peptide resistance genes in the human gut microbiota
12-17, doi: 10.1038/s41564-018-0313-5
【主编评语】肠道菌群为耐药性的积累和增殖提供了庞大的细菌基数，但是本研究发现，不同细菌系统发育上的区别阻碍了抗菌肽耐药基因在肠道中的横向转移，与其他抗生素耐药基因频繁的横向转移形成区别，对研究肠道菌群稳态维持、开发耐药性管控手段均有参考价值。（@小肠君）
限制性内切酶助力寄生虫18S rRNA基因测序分析
Microbiome[IF:9.133]
① 因寄生虫与宿主的18S rRNA基因中有许多相似的保守区域，rRNA基因的靶向扩增子深度测序应用于寄生群落的检测受限；② PCR扩增前利用限制性内切酶消化18S rRNA中仅存于宿主序列的切割位点；③ 在16种血源性蠕虫和原生动物中验证该方法；④ 相比未消化样本，PCR富集和扩增子深度测序之前的酶消化导致人类序列读数大幅减少，寄生虫读数增加5-10倍；⑤ 该方法可在多寄生虫感染的情况下识别人血液中发现的所有常见寄生虫，并显著降低检测限度。
Restriction enzyme digestion of host DNA enhances universal detection of parasitic pathogens in blood via targeted amplicon deep sequencing
09-17, doi: 10.1186/s40168-018-0540-2
【主编评语】在利用rRNA基因测序分析宿主体内的寄生虫时，寄生虫与宿主的18S rRNA基因的高度保守限制了该方法的应用。Microbiome上发表的一项最新研究，发现在进行PCR对18S rRNA进行扩增之前，利用限制性内切酶特异性消化宿主序列，可得到更好的测序结果。（@沈志勋）
广州市第一人民医院：菌群干预或可治疗NAFLD
Cellular Physiology and Biochemistry[IF:5.5]
① 50只雄性SD大鼠随机分为标准饲料（SCD）、高脂饮食（HFD）、含抗生素的SCD（SCD-A）、含抗生素的HFD（HFD-A）和含抗生素和益生菌的HFD（HFD-AP）五组，干预13周；② HFD-A组出现最严重的脂肪性肝炎和剧烈的肠道菌群改变，伴随着细菌多样性的减少；③ 厚壁菌门、乳杆菌属等的丰度经益生菌处理后部分逆转；④ 血清脂联素水平降低和脂联素启动子区的DNA甲基化水平升高，与肠道菌群改变期间的非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）进展显著相关。
Microbial Intervention as a Novel Target in Treatment of Non-Alcoholic Fatty Liver Disease Progression
12-06, doi: 10.1159/000495830
【主编评语】来自广州市第一人民医院周永健团队在Cellular Physiology and Biochemistry上发表的一项最新研究，在非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）大鼠模型中发现，利用益生菌干预菌群，可通过调节脂联素水平，改善NAFLD的进展。（@沈志勋）
感谢本期日报的创作者：米见对，Echo，沈志勋，fang fang，小肠君，女巫
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