临床难题：如何攻克肠道致病菌的避风港？| 热心肠日报
今天是第907期日报。
Nature子刊：肠球菌生物膜相关感染是临床医疗的一大难题（综述）
Nature Reviews Microbiology[IF:31.851]
① 肠球菌在人类肠道中普遍存在，也是生物膜相关感染的常见致病菌；② 肠球菌生物膜在环境和食品等领域广泛存在，受群体感应因子调节；③ 生物膜对抗菌剂具有更高耐受性，可通过物理阻挡药物渗透，转移耐药基因等方式降低药物敏感型；④ 肠球菌一般与其它致病菌形成混合生物膜，增加了治疗难度；⑤ 可通过医用材料表面覆膜，接种疫苗，提高药物药效，解离生物膜等方式治疗生物膜相关感染。
Biofilm-associated infection by enterococci
10-18 DOI: 10.1038/s41579-018-0107-z
Nature子刊：新技术“读云”可获得高质量宏基因组序列
Nature Biotechnology[IF:35.724]
① 读云（read clouds）技术建库分为两步，先将宏基因组封装在大量含有一条或多条长DNA序列的微液滴中，再从这些子集构建带条码的短序列文库测序；② 配套的“雅典娜”组装算法则先结合条码对子集进行组装，然后在子集之上组装得到宏基因组序列；③ 通过对人粪便样本和海洋沉积物样本测序，评估了读云技术相较于长读长三代测序和短读长二代测序策略的优势；④ 发现读云在低丰度物种发现、宏基因组分箱、基因组完整性等各项指标上均明显占优。
High-quality genome sequences of uncultured microbes by assembly of read clouds
10-15 DOI: 10.1038/nbt.4266
Nature子刊：健康成人的肠道菌群对抗生素扰动有较强的恢复力
Nature Microbiology[IF:14.174]
① 12名健康成年男性短期服用混合广谱抗生素，分析肠道菌群的变化和恢复情况；② 菌群的初始变化包括粪肠球菌和具核梭杆菌等致病共生菌和毒力因子的富集、双歧杆菌和产丁酸菌的削减；③ 菌群组成可在1.5个月内恢复至接近干预前的水平，但难以完全复原，多个原有的共生菌种和菌株在6个月后仍检测不到；④ 不同抗生素耐药基因的丰度在干预后呈现差异性动态变化，ARG携带情况对恢复过程中细菌的定植和生存有不同影响。
Recovery of gut microbiota of healthy adults following antibiotic exposure
10-22 DOI: 10.1038/s41564-018-0257-9
用免疫检查点抑制剂治疗的癌症患者，抗生素可降低总生存期
Annals of Oncology[IF:13.926]
① 纳入172名接受免疫检查点抑制剂（ICI）治疗晚期癌症的患者，其中105名CTLA-4抑制剂，67名使用PD-1抑制剂，分析抗生素使用对ICI疗效的影响；② 患者的肿瘤类型主要包括肾细胞癌、非小细胞肺癌、黑色素瘤、肉瘤、胃肠道间质瘤；③ 在ICI治疗开始的30天内及30-60天内使用抗生素，对原发肿瘤的进展无显著影响；④ 任何时期使用抗生素，对ICI治疗的无进展生存期均无显著影响；⑤ 在ICI治疗开始的30天内使用抗生素，显著降低了总生存期。
Impact of antibiotic use on survival in patients with advanced cancers treated on immune checkpoint inhibitor phase I clinical trials
10-11 DOI: 10.1093/annonc/mdy453
Science子刊：GDP-岩藻糖合成酶是特定多发性硬化患者体内的自身抗原
Science Translational Medicine[IF:16.71]
① 从多发性硬化患者的脑脊髓液中分离出脑浸润性CD4 T细胞，利用此细胞克隆筛选十肽文库；② 鉴定出鸟苷二磷酸（GDP）-1-岩藻糖合成酶作为自身抗原，被来自HLA-DRB3*阳性患者的脑脊液浸润的CD4 T细胞识别；③ 对GDP-1-岩藻糖合酶肽的反应性与DRB3*02:02的表达及对免疫显性髓鞘碱性蛋白肽的反应性之间呈显著关联；④ 结合来自肠道菌群的同源肽的交叉识别，该抗原可能在多发性硬化症中作为致病性自身免疫应答的诱导物或驱动因子发挥作用。
GDP-l-fucose synthase is a CD4 T cell-specific autoantigen in DRB3*02:02 patients with multiple sclerosis
10-10 DOI: 10.1126/scitranslmed.aat4301
肠道病毒感染影响婴儿对口服脊髓灰质炎病毒疫苗的应答
Journal of Infectious Diseases[IF:5.186]
① 选取704名印度婴儿，在接种口服脊髓灰质炎病毒疫苗（OPV）前14天及接种疫苗当天，分析肠道中的病毒及细菌组成；② 接种当天（而非接种前14天）的非脊髓灰质炎病毒肠道感染，显著抑制了婴儿在接种后的OPV应答；③ 肠道中特定细菌分类群的丰度对OPV应答无显著影响，而接种OPV后无应答的婴儿在接种当天的肠道细菌多样性较高。④ 结果提示，相对于肠道细菌，肠道病毒对OPV应答的影响更大。
Influence of non-polio enteroviruses and the bacterial gut microbiota on oral poliovirus vaccine response: a study from south India
09-24 DOI: 10.1093/infdis/jiy568
简单饮食和补充剂对人肠道菌群的短期影响
Scientific Reports[IF:4.122]
① 60名健康受试者分组，短期食用标准化液体营养餐后，额外添加不同补充剂，分析肠道菌群对短期高度控制的饮食和特定益生元的反应；② 摄入益生元（菊粉和果胶）引起了受试者菌群中特定成员和功能基因发生普遍、可预测的明显变化，表明人肠道内存在精细的资源分配；③ 而非益生元补充剂则没有引起这种可预测的菌群反应；④ 标准化液体营养餐没有减少菌群的日间变化性，但增加了菌群的个体间相似性，并诱导了菌群的应激式反应，伴随菌群多样性降低。
Predictability and persistence of prebiotic dietary supplementation in a healthy human cohort
08-23 DOI: 10.1038/s41598-018-30783-1
农大呙于明：L-精氨酸缓解肉鸡的肠道损伤
Frontiers in Microbiology[IF:4.019]
① 105只肉鸡分为：对照（CTL），产气荚膜梭菌（CP）和产气荚膜梭菌+L-精氨酸（ARGCP）组；② CP导致肠道组织形态学病变，绒毛高度降低和回肠菌群多样性增加，精氨酸逆转上述作用；③ 三组菌群组成不同，在属水平，CP组中24个分类群显著提高，其中23个可被精氨酸逆转，CTL和ARGCP组只有3个属的丰度不同，在物种层面CP对菌群也有显著改变；④ ARGCP可能与膜转运、复制和修复、翻译和核苷酸代谢相关途径有关，抑制与氨基酸及脂质代谢相关的功能。
Dietary L-Arginine Supplementation Alleviates the Intestinal Injury and Modulates the Gut microbiota in Broiler Chickens Challenged by Clostridium perfringens
07-31 DOI: 10.3389/fmicb.2018.01716
感谢本期日报的创作者：可乐，Adam刘永鑫-中科院-宏基因组，mildbreeze，沈志勋，女巫，梁婷，药农
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