肠易激综合征，特征菌群长啥样？| 热心肠日报
今天是第1069期日报。
肠易激综合征的肠道菌群特征（综述）
Gastroenterology[IF:20.773]
① 纳入22篇文献中的24项病例对照研究进行系统综述，比较肠易激综合征（IBS）患者与健康对照的粪便/结肠菌群的差异；② 与对照相比，IBS患者中，肠杆菌科、乳杆菌科和拟杆菌属增加，而不可培养的梭菌目I、粪杆菌属（包括普氏粪杆菌）和双歧杆菌属减少；③ IBS患者的菌群多样性降低或者与对照无差异；④ 40%的研究未声明患者与对照是否匹配（没有描述性别和/或年龄特征）。
Gut Microbiota in Patients With Irritable Bowel Syndrome—a Systematic Review
03-30, doi: 10.1053/j.gastro.2019.03.049
【主编评语】有不少研究分析了肠易激综合征（IBS）患者的肠道菌群特征，《Gastroenterology》近期发表的文章，对24项病例对照研究进行系统综述，总结了与IBS相关的肠道细菌类别，这些细菌与IBS间的因果性关联有待进一步研究。（@李丹宜）
粪菌移植治疗肠易激综合征，效果如何？
American Journal of Gastroenterology[IF:10.231]
① 纳入4项用粪菌移植（FMT）治疗肠易激综合征（IBS）的随机对照试验（RCT），涉及254名受试者，进行荟萃分析和系统回顾；② 治疗12周后，FMT治疗对IBS症状的整体改善效果，与安慰剂治疗相比没有显著差异，不同研究间异质性显著；③ 以自体FMT作为对照的RCT中，用结肠镜和鼻空肠管的单剂量FMT显示出疗效，而多剂量胶囊FMT改善症状的可能性降低；④ 口服胶囊FMT和非口服FMT的RCT中，安慰剂反应分别为67.8%和33.7%；⑤ GRADE评价表明证据质量极低。
Efficacy of Fecal Microbiota Transplantation in Irritable Bowel Syndrome: A Systematic Review and Meta-Analysis
03-20, doi: 10.14309/ajg.0000000000000198
【主编评语】用粪菌移植（FMT）治疗肠易激综合征（IBS），已有不少临床试验展开（RCT）。《American Journal of Gastroenterology》近期发表的一项荟萃分析和系统综述指出，目前的RCT证据还不足以支持用FMT来改善IBS整体症状，不同研究间的异质性以及临床试验的质量，可能是较大的问题。（@李丹宜）
Gut：菊粉缓解肥胖症状又添新证据
Gut[IF:17.016]
① 12名超重/肥胖但无糖尿病的成人分为三组，每天分别食用20g菊粉丙酸酯、菊粉或低发酵型纤维素对照；② 相比于纤维素对照，菊粉丙酸酯和菊粉均能缓解胰岛素耐受情况，两者功效无显著差异；③ 食用菊粉后，空腹胰岛素含量只与血浆酪氨酸正相关，与血浆甘氨酸负相关；④ 与对照相比，菊粉丙酸酯降低促炎IL-8水平，而菊粉对系统性炎无显著影响；⑤ 与对照相比，菊粉在纲、目水平影响菌群结构，而菊粉丙酸酯在菌种水平略有影响。
Dietary supplementation with inulin-propionate ester or inulin improves insulin sensitivity in adults with overweight and obesity with distinct effects on the gut microbiota, plasma metabolome and systemic inflammatory responses: a randomised cross-over trial
04-10, doi: 10.1136/gutjnl-2019-318424
【主编评语】食用菊粉及其衍生物可增加肠道丙酸盐含量。《Gut》近期发表人群对照研究，比较了菊粉丙酸酯和菊粉对肥胖症状的缓解作用，发现两者均可以改善胰岛素耐受情况，菊粉丙酸酯还具有缓解全身炎症的功效。该研究对开发减肥相关膳食干预手段具有参考价值。（@小肠君）
Science子刊：磺胺甲基异恶唑通过调节菌群抑制HIV相关炎症
Science Translational Medicine[IF:16.71]
① 在接受抗逆转录病毒治疗的HIV感染儿童中，观察到持续使用磺胺甲基异恶唑（144名）的儿童相比于停止使用的儿童（149名），血浆炎症标志物显著降低；② 相比于持续使用磺胺甲基异恶唑的儿童（36名），在停止使用的儿童（36名）中，肠道菌群总体组成虽未发生变化，但甲羟戊酸途径相关酶减少，且与粪便中较低的髓过氧物酶相关；③ 在体外，磺胺甲基异恶唑可抑制HIV感染者及非感染者的白细胞产生促炎细胞因子，并抑制肠道上皮细胞系生成IL-8。
Cotrimoxazole reduces systemic inflammation in HIV infection by altering the gut microbiome and immune activation
04-03, doi: 10.1126/scitranslmed.aav0537
【主编评语】长期使用磺胺甲基异恶唑可减少HIV感染者的发病率及死亡率，但背后的机制尚未明确。《Science Translational Medicine》上发表的一项最新研究发现，磺胺甲基异恶唑可通过改变肠道菌群的组成，以抑制HIV感染者的系统性炎症。（@沈志勋）
Nature子刊：NAFLD肝硬化患者的肠道菌群特征
Nature Communications[IF:12.353]
① 选取203名受试者，包括各级别非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）患者及对照患者在内的98名先证者及105名一级亲属，分析其肠道菌群和影像学检查结果；② 患者的肠道菌群存在家族相似性，与其共享住所有关；③ NAFLD肝硬化患者呈现出肠杆菌科、链球菌属和Gallibacterium菌属的富集；④ 鉴定出一个具有30个特征的集合（包括27个细菌特征），可用于构建随机森林分类模型以检测NAFLD肝硬化；⑤ 该模型在先证者及其亲属中有相当高的诊断准确性。
A gut microbiome signature for cirrhosis due to nonalcoholic fatty liver disease
03-29, doi: 10.1038/s41467-019-09455-9
【主编评语】Nature Communications上发表的一项最新研究，在非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）患者及其亲属中，鉴定出了NAFLD肝硬化的肠道菌群特征。（@沈志勋）
Nature子刊：合成生物学方法研究不可培养细菌的两个实例
Nature Microbiology[IF:14.174]
① 为研究众多不可培养细菌的功能，并利用其生产化合物，研究人员尝试通过合成生物学设计和改造细菌基因组；② Brophy等人在土壤菌群中，利用XPORT系统，将供体菌株的DNA导入受体菌株的染色体，成功地将固氮基因转移到受体菌株中，使受体菌获得了固氮酶的能力；③ Peters等人设计并通过CRISPR干扰，抑制不同细菌中目标基因的表达，来高通量快速筛选细菌的特定表型；④ 总之，合成生物学筛选和改造野生菌株在不可培养细菌研究中具有重要意义。
Harnessing undomesticated life
01-23, doi: 10.1038/s41564-018-0355-8
【主编评语】Nature Microbiology的一篇观点文章中，提及了两项通过合成生物学方法研究菌群中不可培养细菌的实例。（@高春辉）
生命早期肠道矿物质吸收的“守门员”
PNAS[IF:9.661]
① 肠道肠细胞而非肾脏中离子通道激酶TRPM7的失活，引起锌、镁和钙离子的缺乏；② TRPM7缺乏的HAP1细胞，其细胞内单质锌和镁的水平显著降低；③ TRPM7的通道蛋白活性介导了金属离子平衡；④ 平面脂质双层中的TRPM7通道对锌和镁离子具有高度渗透性，且TRPM7对锌离子的渗透性小于镁离子的渗透性；⑤ 肠上皮细胞中Trpm7基因缺失引起功能缺陷，导致实验小鼠幼崽早期生长衰竭和死亡；⑥ 饮食中锌离子和镁离子强化剂可延长缺乏肠道TRPM7后代的存活率。
TRPM7 is the central gatekeeper of intestinal mineral absorption essential for postnatal survival
02-15, doi: 10.1073/pnas.1810633116
【主编评语】锌、镁和钙离子平衡对机体稳态有重要作用。《PNAS》近期发表研究，鉴定了通道激酶TRPM7在维持机体矿物质稳定中的核心作用。该结果对于研究肠道营养物质吸收、机体矿物质稳态维持机制具有重要参考价值。（@小肠君）
量化抗生素对菌群结构影响的新模型
ISME Journal[IF:9.52]
① 假设认为抗生素的使用会导致肠道菌群结构在两个稳态间切换，为了验证该假设建立了“稳态结构”数学模型；② “稳态结构”模型可弥补Lotka–Volterra模型只能分析成对微生物互作的局限性；③ 使用该模型分析已有的抗生素使用后对肠道、口腔菌群影响的数据，证明了抗生素的使用确实导致菌群稳态的切换；④ 该方法可用于分析来自不同人体菌群、抗生素、测序方法产生的数据，为量化抗生素对菌群的影响提供了一种简便、稳定的模型框架。
Modelling microbiome recovery after antibiotics using a stability landscape framework
03-15, doi: 10.1038/s41396-019-0392-1
【主编评语】抗生素会对人体菌群会造成长期的影响。《ISME Journal》近期发表的文章阐释了一种新的数学分析模型，可量化抗生素对人体共生菌群的影响，验证了抗生素使用前后菌群在不同稳态间切换的假设，对研究抗生素用药前后菌群结构的变化提供了参考价值。（@小肠君）
感谢本期日报的创作者：李丹宜，小肠君，沈志勋，迟卉，赵梦垚，Roxy，杜海洋
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