宝宝吃母乳，可别忽视母乳菌群 | 热心肠日报
今天是第1014期日报。
Cell子刊：影响母乳菌群的多种因素
Cell Host and Microbe[IF:17.872]
① 研究涉及的393对母婴中，产后3-4个月时的母乳菌以变形菌门和厚壁菌门为主，这两个细菌门丰度呈负相关，但母乳菌群结构存在差异性；② 母乳菌群结构存在婴儿性别特异性，菌群组成和多样性与母亲的BMI、生育次数、分娩方式、母乳喂养方式以及母乳成分有关；③ 母乳喂养方式（直接喂养或泵出后喂养）是决定母乳菌群的关键因素，泵出母乳喂养与母乳菌群中潜在致病菌增加、双歧杆菌减少具有关联；④ 婴儿的口腔菌群会影响母乳菌群结构。
Composition and Variation of the Human Milk Microbiota Are Influenced by Maternal and Early-Life Factors
02-13, doi: 10.1016/j.chom.2019.01.011
【主编评语】母乳中的菌群对塑造婴儿肠道菌群具有重要作用。 本研究发现了一系列与母乳菌群结构相关的影响因素，强调了婴儿性别对母乳菌群结构的影响，指出婴儿口腔菌群也可能反过来影响母乳菌群，此外，用吸奶器泵出可能影响母乳菌群、增加潜在致病菌。该结果对研究婴儿健康和发育具有参考价值。（@小肠）
JAMA：防治神经退行性疾病，拒绝“伪医学“
JAMA[IF:44.405]
① 针对神经退行性疾病最常见的“伪医学“是膳食补充剂;② 针对金属毒性、霉菌接触、莱姆病等病因应运而生的静脉营养、个性化解毒、金属螯合、干细胞疗法等干预疗法成本高昂、缺乏严谨的科学支持和监管，属于“伪医学”；③ 缺乏科学实质的“巫术科学”（Cargocult science）为“伪医学“提供了虚假的“科学”支持；④ 临床医生必须分清真假科学并为患者提供必要的解释和引导；⑤ 医生和患者共同学习或是遏制“伪医学“兴起的有效手段。
The Rise of Pseudomedicine for Dementia and Brain Health
01-25, doi: 10.1001/jama.2018.21560
【主编评语】神经退行性疾病目前缺乏有效的治疗方法，该状况引发的社会担忧催生了一系列伪科学，以膳食补充剂作为防治手段是典型的“伪医学“。本文列举了一系列“伪医学“治疗方法，并强调了遏制“伪医学“兴起的必要性，值得参考。（@小肠）
Science：大肠癌相关细菌毒素怎样损伤DNA？
Science[IF:41.058]
① 含有生物合成基因岛pks的大肠杆菌可产生细菌毒素colibactin，可能促进大肠癌发生；② 用非靶向DNA加合物组学，在与pks+大肠杆菌共培养的上皮细胞系中，鉴定出2种特异性富集的DNA腺嘌呤烷基化加合物，推测是不稳定的colibactin-DNA交联结构的分解衍生物；③ 给无菌小鼠定植pks+大肠杆菌，在结肠上皮细胞中也检测出上述DNA加合物；④ 通过化学合成等方法解析了DNA加合物的化学结构，colibactin的环丙烷环在其与DNA的烷基化反应中有关键作用。
The human gut bacterial genotoxin colibactin alkylates DNA
02-15, doi: 10.1126/science.aar7785
【主编评语】特定肠道菌可促进结直肠癌（CRC）的发生，一年前Science曾发表研究，在家族性息肉病患者中鉴定出两种潜在的促CRC肠道菌，其中就包括能产生基因毒素colibactin的pks+大肠杆菌，然而这种细菌毒素损伤DNA的机制仍不清楚。Science今天上线的一项最新研究发现，colibactin的环丙烷环结构能像“弹头”一样“扎入”DNA链，与腺嘌呤发生烷基化反应形成DNA加合物，从而损伤DNA结构，是促进大肠癌的潜在分子机制。这种DNA加合物或许能作为pks+大肠杆菌暴露的生物标志物用于预测CRC风险，其临床转化价值有待进一步研究。（@李丹宜）
ICU感染防控，急需肺部菌群研究！
Intensive Care Medicine[IF:15.008]
① ICU患者的肺部菌群失调，可能导致相关医院感染；② 使用气管导管机械通气（MV）可改变口腔菌群，口腔、呼吸道或外来细菌通过导管进入下呼吸道，增加发生呼吸机相关性肺炎（VAP）的风险；③ 呼吸道菌群中一旦出现假单胞菌、金黄色葡萄球菌等致病菌，可造成不良预后；④ MV与肺部菌群丰度及多样性下降有关，VAP患者的微生态失调更为严重，肺部菌群结构与疾病严重程度相关；⑤ 对肺部菌群的进一步研究，有助于有效预防和诊治ICU患者的MV相关感染。
Microbiota in ICU, not only a gut problem
01-22, doi: 10.1007/s00134-018-05516-7
【主编评语】肠道菌群失调与ICU病人院内感染风险增加有关，但是ICU病患肺部菌群紊乱相关研究匮乏。本评论文作者指出了使用气管导管相关的呼吸机相关性肺炎很可能与肺部菌群失调相关，强调需要在该领域进行深入研究。（@小肠）
人肠道中存在专性降解果胶的细菌
ISME Journal[IF:9.52]
① Monoglobus pectinilyticus基因组编码一组与果糖降解相关的代谢通路，编码的碳水化合物活性酶（CAZyme）中胞外甲基/乙酰酯酶、果胶酸裂解酶的含量异常高；② 该细菌对果胶的专性降解能力，可能源于其细胞表面s层同源性（SLH）区域的蛋白表达；③ 该细菌的SLH区域蛋白中，一些的蛋白组合形式独特，具有果胶特异性CAZyme结构域和细胞壁锚定SLH结构，有别于其他肠道菌；④ 该细菌降解多种果胶，产生的多糖降解产物可与其他人类肠道细菌共享。
Genomic insights from Monoglobus pectinilyticus: a pectin-degrading specialist bacterium in the human colon
02-06, doi: 10.1038/s41396-019-0363-6
【主编评语】果胶是水果蔬菜中的重要成分，一度被认为由肠道中的多能多聚糖降级细菌分解。本研究在人肠道中发现了一种专性降解果胶的细菌Monoglobus pectinilyticus。这种细菌的存在可能与肠道菌群适应人类高果胶饮食的过程有关，填补了专性果胶降解细菌的空白，值得参考。（@小肠）
肠道炎症中5-羟色胺对菌群的影响
CMGH Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology[IF:N/A]
① 5-羟色胺（5-HT）主要由肠道肠嗜铬细胞（EC）合成，色氨酸羟化酶1（Tph1）是EC细胞中5-HT合成的限速酶；② Tph1-/-和Tph1+/-同窝小鼠菌群结构差异显著；③ 5-HT在体外直接抑制共生菌的生长，该抑制作用具有浓度效应和物种特异性，5-HT还抑制HT-29肠道上皮细胞产生β-防御素；④ 黏膜5-HT诱导的肠道菌群变化改变了小鼠的结肠炎易感性，相比于Tph1+/-小鼠，Tph1-/-小鼠的菌群不仅能维持肠道屏障完整性，而且还缓解结肠炎症状。
Modulation of Gut Microbiota Composition by Serotonin Signaling Influences Intestinal Immune Response and Susceptibility to Colitis
02-01, doi: 10.1016/j.jcmgh.2019.01.004
【主编评语】5-羟色胺是一种可由肠道细胞分泌神经递质。本研究发现了5-羟色胺具有调节肠道菌群的功能，该功能与肠道炎症、尤其是结肠炎相关。该结果显示，5-羟色胺与肠道菌群的关联有望作为调节肠道炎症状况的靶标，对研究神经系统-菌群互作、开发肠道炎症缓解方法具有参考价值。（@小肠）
Immunity：促进胎儿肠道发育的T细胞，可介导早产儿肠道炎症
Immunity[IF:19.734]
① 人类胎儿肠道含有生成TNF-α的CD4+CD69+效应记忆T细胞（TEM），在孕早期末尾即存在；② 单细胞RNA测序表明这种TEM呈现Th1表型，且介导上皮生长和细胞周期的基因表达上调；③ 类器官共培养试验显示，当数量少时这种TEM可促进肠上皮发育，数量多时则阻碍肠道干细胞增殖，该作用依赖于TNF-α；④ 患坏死性小肠结肠炎早产儿的肠道炎症中，这种TEM数量增多，TNF信号增强；⑤ TNF-α+CD4+TEM可促进胎儿肠道粘膜发育，但在早产儿中可介导肠道炎症。
Human Fetal TNF-α-Cytokine-Producing CD4+ Effector Memory T Cells Promote Intestinal Development and Mediate Inflammation Early in Life
02-12, doi: 10.1016/j.immuni.2018.12.010
【主编评语】胎儿的免疫系统通常被认为是具有抗炎的免疫耐受特性，然而早产儿却容易患严重的肠道炎症疾病，比如坏死性小肠结肠炎（NEC）。Immunity近期发表研究，胎儿肠道中存在的一种TNF-α+CD4+T细胞可促进肠上皮发育，而早产可能诱导这种T细胞活化增殖，引起早产儿的肠道炎症，是早产儿易患NEC的潜在机制。（@李丹宜）
致儿童瘫痪的潜在肠道病毒
mBio[IF:6.689]
① 纳入11例疑似儿科急性弛缓性脊髓炎（AFM），含4例确诊AFM、1例疑似，其余患者有别的主要鉴别诊断，用多种基因组分析方法对鼻咽拭子和脑脊液进行检测；② 在4例患者中（3例AFM，以及1例诊断为急性播散性脑脊髓炎的患者），用实时PCR和扩增子测序检测到了肠病毒D68（EV-D68）的RNA；③ 除了在第4例AFM和1例疑似患者脑脊液中检测到单纯疱疹病毒，16S或宏基因组学测序未检测出其它明显的病原体；④ EV-D68可能是AFM的病因之一。
Genomic Analyses of Acute Flaccid Myelitis Cases among a Cluster in Arizona Provide Further Evidence of Enterovirus D68 Role
01-22, doi: 10.1128/mBio.02262-18
【主编评语】尽管小儿麻痹症已基本被消灭，近年来又零星出现新的致儿童瘫痪的不明病原体感染疾病，比如急性弛缓性脊髓炎（AFM），有研究指出其背后的元凶可能是一种肠道病毒。mBio近期发表研究，用多种基因组学方法分析了美国2016年11例疑似AFM的患者样本，检测出肠病毒D68很可能是导致AFM的病原体，为该病的临床诊断提供了新思路和证据。（@李丹宜）
感谢本期日报的创作者：小肠，徐笑，李丹宜，方芳，吴芹，女巫
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